Urodził się jako Jan Berlinerblau w Warszawie, zmarł w Londynie.

Pochodził z rodziny żydowskiej. Jego ojciec był właścicielem podwarszawskiej fabryki wyrobów metalowych. Matka, Jadwiga z domu Chwat była wnuczką Eliasza, oficera Legionów Polskich Dąbrowskiego. Eliasz był podwładnym Berka Joselewicza (1764-1809), słynnego dowódcy Żydów w polskiej służbie wojskowej. Rodzice Jana Berlinerblaua z zasady nie uczestniczyli w żydowskich praktykach religijnych.

Jan został uczniem IV Rządowego Gimnazjum Męskiego. Zaangażował się w strajk szkolny (1905 r.), co pociągnęło za sobą jego usunięcie ze szkoły. W 1908 r. został członkiem nielegalnej Organizacji Bojowej Polskiej Partii Socjalistycznej. W okresie I wojny światowej służył w I Brygadzie Legionów Polskich (także jako adiutant Józefa Piłsudskiego). W 1921 r. zmienił nazwisko na Prot (był to jego konspiracyjny pseudonim).  W 1922 r. ukończył rozpoczęte jeszcze przed wojną studia chemii fizycznej, uzyskując na Politechnice Lwowskiej dyplom inżynierski.

W 1927 r. został dyrektorem Państwowej Wytwórni Prochu i Materiałów Kruszących w Pionkach. Zakład ten dzięki Janowi Protowi stał się jednym z największych tego typu w Europie. Prot był także aktywnym działaczem społecznym.

Po wybuchu II wojny światowej ewakuował się do Francji, a następnie do Wielkiej Brytanii.  Służył w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie. Po wojnie pracował na Uniwersytecie w Edynburgu, gdzie się doktoryzował.

Był dwukrotnie żonaty. Po przyjęciu katolicyzmu w 1917 r. poślubił Zofię Deichs, z którą miał trójkę dzieci. Małżeństwo to rozpadło się, drugą żoną Jana została Halina z domu Freund.

Pochowany na cmentarzu Brompton w Londynie.

J. Gołębiowski, Przemysł zbrojeniowy Drugiej Rzeczypospolitej 1918-1939, Kraków 2000.

M. Wierzbicki, Z Polską pod rękę. Jan Prot (1891-1957) i odbudowa niepodległego państwa polskiego, Lublin – Warszawa 2017.

Żydzi a powstanie styczniowe. Materiały i dokumenty, oprc. A. Eisenbach, D. Fajnhauz, A. Wein, Warszawa 1963.